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• 分析新的基因方法：工具/原料基因表达数据的csv文件数据的分组信息的csv文件Excel准备数据文件1首先我们需要一个表达谱数据的csv文件表。这些基因表达数据一般是在实验结束之后就会产生，是我们分析的源文件。表达谱的格式为：文件的A1单元格留白；文件的第一行，写的是样本的唯一识别号，这个识别号可以自行指定，但请确保每个样本为一列且识别号都不同。文件的第一列（A列，写的是基因简称，每个基因在HGNC网站的列表中都有且唯一。数据格式如图所示：2其次我们需要一个记录着表达谱数据的来源和分组的csv文件表。这一个csv文件记录着每一个样本的分组和其他信息。分组信息表的格式为：文件的A1单元格留白；文件的第一列（A列，写的是样本的唯一识别号，这个识别号与表达谱数据表中的样本识别号一一对应。文件的第一行则记录着对应的分组信息，并且分组信息一般命名为groups。数据格式如图所示：END进行分析1登录基因云馆，右上角点登录系统。输入账号密码进行登录。没有账号可以快速免费注册一个。2右侧选择“预处理>表达集生成器”。将上一步准备好的文件“表达谱数据的csv表文件”放入matrix；“表达谱分组信息的csv表文件”放入pData；最后填写一个saveName表示保存文件的文件名。点击运行3生成与步骤2中的saveName填写的文件名对应的RData数据文件就可以进行后续的差异分析了。同时，最好点击eSet_create.html报告查看生成的文件的简要信息。END差异基因分析右侧选择“差异分析>差异基因分析”；在inputset*栏目里放入上一步生成的RData，剩余参数如下选择。logFC代表倍增关系，一般是1-2，这里请选择1，如果差异基因过少可以适当降低；pvalue代表p值，一般选择0.05，这里即选择0.05，如果差异基因过多可以适当降低；genenamesets代表要单独显示表达变化的基因，这里填写可以AHNAK2；点击“运行”进行分析。分析时间长度约为1-2分钟；点击结果页面的DEG_GENE.html链接，查看结果报告。差异基因的结果也就做出来了。你也可以试试其他参数，获得理想的结果。
  龙安顺2019-12-22 00:55:00
• 水稻OsMKK基因家族的结构和表达分析OsMKK是水稻MAPK途径中位于中游的一个分裂原蛋白激酶激酶基因家族,主要承载着上游信号的汇聚、逐步向下扩散传递的作用。它们在水稻生长发育和逆境反应中的功能目前还不很清楚。干旱、低温、盐害等非生物逆境是影响水稻产量的重要因素。本文对OsMKK基因家族的结构进行了生物信息学分析,预测了其可能的生物学功能。并以籼稻品种9311为材料,在低温、高温、盐害、H2O2、ABA、JA、SA下胁迫水稻幼苗。测定了水稻苗期在7种处理下生理指标的变化和OsMKK基因家族的表达模式。最后,讨论了它们可能的生物学功能。主要实验结果如下：1.OsMKK染色体定位、进化树和基因结构分析表明,OsMKK基因家族的8成员位于4条不同染色体上,分为2大类,A、B、C、D4个亚组。第一大类有3个基因：OsMKK1、OsMKK6、OsMKK3,含有多个内含子和外显子,其调控形式多样。第二个大类包括5个基因：OsMKK4、OsMKK5、OsMKK10-1、OsMKK10-2、OsMKK10-3,仅仅含有一个外显子。OsMKK的sub-domain和motif分析表明,该基因家族都含有11个sub-domain、ATP结合位点,磷酸化位点。除OsMKK10-1,OsMKK10-2和OsMKK10-3外,均含有S/TXXXXXS/Tmotif.2.对OsMKK基因家族5’端ATG上游1.0kb区域启动子顺式作用元件的预测,鉴定了有多个特殊的顺式作用元件。如低温响应元件、热激响应元件、脱水响应元件、ABA响应元件、JA响应元件、防卫反应响应元件。每个基因均含多个不同的顺式作用元件,可能与多个逆境反应相关。3.7种处理对水稻苗期叶片的生理指标变化结果表明,相对电导率、丙二醛和脯氨酸含量的变化趋势比较吻合。随胁迫时间的延长,相对电导率增大除ABA处理外；丙二醛含量都不同程度地增加；脯氨酸含量也呈递增趋势除JA处理外。说明水稻幼苗随着胁迫时间的延长,其细胞受胁迫的伤害程度越大。4.OsMKK基因家族在12℃低温、38℃高温、250mM盐、10mMH2O2、50μMABA,50μMJA、1mMSA胁迫下表达具有明显的诱导特性。12℃低温处理下,OsMKK4在0-12h表达没有变化,在24h诱导表达；38℃高温下,OsMKK3在3h时激活表达,随后下降。OsMKK4、OsMKK5、OsMKK6在6h表达最强,随后下降。其它基因的表达在6h时都略有上升；250mM盐处理下,OsMKK3在1h瞬间诱导表达,表达量达最高值；10mMH2O2处理下,OsMKK4、OsMKK5、OsMKK10-2在1h内就瞬间诱导表达,表达量达最高,随后下降；50μMABA处理下,OsMKK4、OsMKK5在1h时诱导表达；50μMJA处理下,OsMKK4诱导表达最强,随着时间增加而增强。其次是OsMKK5,在1h瞬时表达增加,而后不再增加；1mMSA处理下,OsMKK6在6h内受到诱导表达,表达量达最高值。各种逆境对其它基因表达的影响较小。5.OsMKK在水稻茎、叶、叶鞘、幼穗的表达有一定差异。OsMKK1在茎中表达低,其他基因在4个组织中均表达。OsMKK10-2在4个组织中表达量均不高,其它基因在4个组织中均有高有低。
  齐晓凡2019-12-22 00:38:43
• Pathway功能分析及显著性判断对差异表达基因进行Pathway功能分析，并计算Pvalue进行显著性判断，Pvalue越小，表明该pathway变化越显著，并可对每条Pathway通路图进行展示，同时在相应的位置标注差异表达基因。2.Pathway中基因相关性分析根据每两个基因共出现在同一pathway中的次数统计，绘制基因共相关点线图，进而得到不同pathway上基因的关联情况。在分析工具上点击“celldifferentiation”，在“TermInformation”中描述了细胞分化术语的基本信息，包括树形及与父结点、子节点关系。对于未知基因名的序列，可以用序列直接检索GO数据库。点击AmiGO首页上方的“BLAST”，进入检索界面。在检索框输入氨基酸或核酸序列或上传序列文件，检索工具能自动识别并相应地选择BLASTP或BLASTX来与数据库中的序列进行比对。以大肠杆菌DNA聚合酶Ⅱ基因polB为例，“HighScoringGeneProducts”栏内显示基因产物的名称、物种信息、p值。
  樊技飞2019-12-22 00:11:29
• 这个基因功能区分析是什么意思①分子杂交的原理是碱基互补配对原则．②由于一种氨基酸可能对应多种密码子，所以在已知a基因编码的氨基酸排列顺序的情况下，也不能确定a基因转录的mRNA的碱基排列顺序．③转录需要RNA聚合酶的参与，该酶能识别和结合基因首端的启动子．④减数第一次分裂后期，由于同源染色体的分离，含有突变基因的染色体分配到次级卵母细胞的概率为；减数第二次分裂后期，由于着丝点分裂，子染色体移向两极，含有突变基因的子染色体分配到卵原细胞的概率为，因此卵细胞携带该突变基因的概率是①碱基互补配对原则②不能一种氨基酸可能对应多种密码子③RNA聚合酶。
  黄真浩2019-12-22 00:02:07