一、交税情况不同：
1、资本公积：
①资本溢价(股本溢价)：不需企业所得税;个人所得税待定
②其他资本公积：征企业、征个人所得税
2、盈余公积：企业不征; 个人征
二、用途不同：
1、资本公积：扩大公司生产经营或者转为增加公司资本
2、盈余公积：弥补公司的亏损、扩大公司生产经营或者转为增加公司资本
资本公积是企业收到的投资者的超出其在企业注册资本所占份额，以及直接计入所有者权益的利得和损失等。资本公积包括资本溢价(股本溢价)和直接计入所有者权益的利得和损失等。
盈余公积是指企业按照规定从净利润中提取的各种积累资金。
盈余公积的使用
1、用于弥补亏损。公司发生亏损时，应由公司自行弥补。弥补亏损的渠道主要有三条：一是用以后年度税前利润弥补。按照现行制度规定，公司发生亏损时，可以用以后五年内实现的税前利润弥补，即税前利润弥补亏损的期间为五年。二是用以后年度税后利润弥补。公司发生的亏损经过五年未弥补足额的，未弥补亏损应用所得税后的利润弥补。三是以盈余公积弥补亏损。公司以提取的盈余公积弥补亏损时，应当由公司董事会提议，并经股东大会批准。
2、转增资本。公司将盈余公积转增资本时，必须经股东会决议批准。在实际将盈余公积转增资本时，要按股东原有持股比例结转。盈余公积转增资本时，转增后留存的盈余公积的数额不得少于注册资本的25%。
3、法定公积金转为资本时，所留存的该项公积金不得少于转增前公司注册资本的25%。（公司法169条）
4、一般在年报做完3个月内会计事务所验资时不要求再做一个净资产审计，否则要先出净资产审计报告，再做验资。
资本公积用于转增资本时，在办理增资手续后，借记“资本公积”账户，贷记“实收资本”账户.资本公积有两个用途，一是转增为注册资本，二是扩大公司生产经营。