新型农村合作医疗的参合办理主要有三种方式：1、乡、村干部上门集中收缴方式：农民持《新型农村合作医疗证》、《户口薄》到本村、组指定的地点办理参合登记，填写《参合人员缴费参合登记表》，经办人员审查，收缴农民个人参合资金，同时开具由省财政厅统一印制的新型农村合作医疗收款收据。2、村集体经济代缴方式：鼓励村集体经济好的村，实行由村集体经济统一交纳参合资金。村负责人持新型农村合作医疗登记册、户口登记册到乡镇新农合经办机构填写、汇总《参合人员缴费参合登记表》，经办人员审查，收缴农民个人参合资金，同时开具由省财政厅统一印制的新型农村合作医疗收款收据。3、农民主动到乡镇新农合经办机构缴纳方式：农民持《新型农村合作医疗证》、《户口薄》到乡镇新农合经办机构办理参合登记，填写《参合人员缴费参合登记表》，经办人员审查，收缴农民个人参合资金，同时开具由省财政厅统一印制的新型农村合作医疗收款收据。新农合报销程序：一申请受理1、申请人：参合病人本人或者其配偶、父母、子女。参合病人本人不能亲自办理申请手续且没有配偶、父母、子女的，由其兄弟、姐妹代其申请；没有兄弟、姐妹的，由村民委员会负责人代其申请。由其代理人代理申请的，应当提交代理人的身份证复印件及与参合病人关系的证明材料。2、受理机构：县级以下含县级，下同定点医疗机构。3、申请结果：1申请报销的参合病人身份证明材料真实、提交材料齐全的，应当场受理；2对参合病人身份证明材料有疑义的，应移交合作医疗管理经办机构核实其身份；3对提交材料不齐的，应一次性书面告知需要补齐的全部材料。二费用核算县级定点医疗机构：由县级定点医疗机构合作医疗窗口初审核算人员受理医疗费用报销申请，对申请人提交的材料进行审查，具体核算补偿范围内的医药费用和补偿金额，并填写《新型农村合作医疗住院补偿表》，签署核算意见。乡镇定点医疗机构：由乡镇卫生院合作医疗窗口初审核算人员受理医疗费用报销申请，对申请人提交的材料进行审查，具体核算补偿范围内的医药费用和补偿金额，并填写《新型农村合作医疗住院补偿表》，签署初审核算意见后，由复核人员或者乡镇专职审核员对初审项目和补偿金额进行审核，签署审核意见。三费用兑付由县级以下定点医疗机构合作医疗窗口兑付人员根据审核意见，向申请人支付应当报销的医药费用，并由申请人或者其代理人在《新型农村合作医疗住院补偿表》上签字。