新版三国与原著的差异，不仅仅是一些情节的改动，而且也删除了很多的情节修改的情节有：在第27集中曹操得到袁绍进攻的消息时，有人为曹操分析他有十胜，袁绍有十败。在新三国中这个人是荀彧，可在小说这个人是郭嘉。在新三国中陈登父子从吕布手中骗得徐州是为了曹操，可在小说中陈登父子从吕布手中骗得徐州是为了刘备。在新三国中为曹操设计收徐庶的是荀彧，可在小说中为曹操设计收徐庶的是程昱。在新三国中马超与曹操交战时，曹操在空旷的野外无法筑营寨，后来曹操因受程昱一句话的启发想到筑营寨的方法。可在小说中这个筑营寨的方法是一个老者教曹操的。在新三国中，典韦死于征讨吕布的战斗，可在小说中典韦是死在了宛城战张绣的乱军中。在新三国中，曹操离间马超、韩遂是用自己涂改的书信，可在小说中是贾诩设下的计。在新三国中刘备为了救陶谦向公孙瓒借了赵云，这之后赵云再也没有回到公孙瓒处。可在小说中刘备救了陶谦后，赵云就回到公孙瓒处了。在新三国中关羽在古城会兄弟后收了个叫关平的义子。可在小说中关平这个义子是在千里走单骑的途中收的。在新三国中曹操在得知自己因蒋干而中了周瑜的计，就秘密的杀了蒋干。可在小说中曹操在得知自己因蒋干而中了周瑜的计没有杀蒋干。在新三国中把战船用铁索联起来的方法是于禁想到的。可在小说中这个计谋是庞统献给曹操的。在新三国中，帮助曹丕劝走曹彰的人是司马懿。可在小说中那人确是贾逵。在新三国中关羽是自杀的。可在小说中关羽是被东吴大将军潘璋的弟子马忠生擒。在新三国中，彝陵之战后西蜀出使东吴的是马谡。可在小说中出使东吴的是邓芝。在新三国中，彝陵之战中被沙摩柯一箭射死是东吴前老将军程普，可在小说中被射死的是猛将甘宁，况且程普在历史上是在赤壁之战后不久就病逝的。在新三国中，曹操割须弃袍后被马超截住，后来曹操被许褚所救。可在小说中救曹操的是曹洪。在新三国中，在落凤坡射计杀死庞统的人是黄权，可在小说中明明是张任自己的主意。在新三国中，刘备曾派一使者去贿赂张鲁的军师杨松，这使者是简雍。可在小说中这使者是孙乾。在新三国中，诸葛亮曾去劝降马超，可在小说中这个去劝降马超的人是李恢。在新三国中，荀彧死于曹操继位魏王之后，而小说中则是则是荀彧死在曹操当魏公之前，曹操讨伐刘备之前，可见新三国中荀彧和荀攸合体了。在新三国中，荀彧是拔剑自刎的，可是在小说中，荀彧是服毒自杀的。在新三国中，曹操故意没有去救夏侯渊，导致夏侯渊阵亡，而小说中，曹操是得知夏侯渊阵亡，才刚刚从长安出兵进汉中。在新三国中，曹爽是个足智多谋的大将军，可在小说中，曹爽是个浮华的废物，和他父亲曹真根本无法相提并论。在新三国中，诸葛亮是公元234年8月23日薨于五丈原，而实际上诸葛亮的逝世日期是公元234年8月28日。除此之外，还有很多情节是被删掉的，例如司马炎灭吴、三分归晋。