一、融得的标的物不同股票质押融资只能融得资金，无法做空。融资融券顾名思义，可以融得资金，也可以融得证券，融得的资金再买股票就增强了多方力量，融券则增强了空方力量，因此融资融券是一种即可做多也做空的双刃剑。
二、融得资金的用途不同这点可能是两者最大的区别。股票质押融资，融得的资金可以不用来购买上市证券，当然，针对具体的融资主体，国家对其融得资金的用途会有一定的要求。例如，证券公司通过股票质押融资取得的资金只能用来弥补流动资金不足，不可移作他用。
融资融券中的融资，获得的资金通常必须用来购买上市证券，增强了证券市场的流动性，在一定条件下加快了证券市场价值发现功能。
由此可见，融资融券与资本市场联系更紧密，股票质押融资可能既涉及资本市场，也直接涉及实体经济。另外，与股票质押融资有个相类似的概念是股权质押融资，主要是指以非上市公司股权提供担保以融通资金。
三、担保物不同股票质押融资和融资融券都是是对融入方的授信，故都需要担保物。股票质押融资，它主要是以取得现金为目的，因此担保物不可能再用现金，它的主要担保物是有价证券，例如上市公司股票、证券投资基金以及公司债券等。
融资融券中，担保物既可以是股票，也可以是现金。
四、资金融出主体不同股票质押融资一般由银行、典当行等机构办理，资金融出主体与融资融券有明显区别。融资融券在各国采取了不同的运作模式。
例如，在美国市场化分散授信模式和日本专业化模式下，融出资金的中介有证券公司和证券金融公司，但最终的资金融出方通常是银行。
我国采取的运作模式则规定资金融出的直接主体是证券公司，即证券公司以自有资金、证券向客户融资融券;同时，确立了证券金融公司向证券公司提供转融通的制度。