1、申请机构不同：国家助学贷款直接向本校的学生资助部门申请；生源地信用助学贷款直接向学生户籍所在县。
2、贷款发放机构不同：生源地信用助学贷款的发放机构多为国家开发银行的各地分支机构，也有地方银行的参与如黑龙江省的生源地助学贷款发放机构为哈尔滨银行。国家助学贷款则由学校学生资助中心在全国学生资助中心招投标中标的银行中选择一家银行发放。
3、发放形式不同：国家助学贷款：一次申请、分期发放的方式，即学生可以与银行一次签订多个学年的贷款，但银行要分年发放;此外，继续攻读学位的学生还可在就读高校再申请一笔国家助学贷款。生源地助学贷款：按年度申请、审批和发放即如果每年都需要生源地助学贷款，则每年都需要申请。
4、还款人不同：国家助学贷款：学生偿还，毕业后前三年内可自主选择最长3年的还款宽期限，期间只需偿还贷款利息，宽限期结束后按月或季偿还贷款本金及利；生源地助学贷款：学生与家长共同负担本息。
5、贷款年限：国家开发银行办理的生源地信用助学贷款需一学年一贷，部分金融机构办理的生源地信用助学贷款可一贷多个学年。国家助学贷款一般可一贷多个学年，学生可根据自己实际情况进行选择，如选择一贷四年或一贷三年等。