城乡居民医保管理经办分设，制度不统一是造成城乡居民医保二元格局的根本性原因，也是实现基本公共服务均等化最大障碍。目前，随着城乡二元结构的逐步淡化以及城镇化的深入推进，“农村”居民的医疗消费水平和医疗消费需求日益上涨。但因体制的原因，“农民”只能被动参加新农合，其自身较高的医疗保险参保愿望被控制，平等享受基本公共服务权利同样被控制，由此带来的是享受医疗保险待遇的不公平。城镇居民基本医疗保险由人社部门管理经办，新型农村合作医疗由卫生部门管理经办，管理经办的分设造成了顶层制度设计的不统一，医保制度相互脱节：医保报销目录范围不统一；报销标准不一致；管理方式不一致，带来参保人员就医、报销麻烦重重；经办管理分散造成经办机构能力严重不足；信息系统重复建设、信息不能共享带来重复参保，重复补贴，降低了资金使用效率。