首先纠正概念，公司不给员工纳税，公司做的是代扣代缴员工个人所得税。且只有这一个税种由公司为员工代扣缴。代扣代缴个人所得税，在员工发放工资的时候，由公司财务部门根据人事部门出具的收入表、保险费、公积金扣款等信息以及当月应交个人所得税，编制会计凭证，个人所得税以“应交税金-应交个人所得税”贷方发生的形式入账。次月，公司根据税法规定，在地税申报网站上，将上月代扣在账面的工资个税做纳税申报，申报时详细填写个人信息，收入、保险等，税务有纳税比对，比对不过是无法通过申报的。申报之后，税务局网站自动扣款，发送银行扣款回单，财务用回单入账，做借：应交税金-应交个人所得税凭证，完税。公司为员工代扣并完税后，个人不需要缴纳税款。上缴部门统一是当地地税机关。与个人有关的，并由公司代扣代缴的税款仅此一种。公司缴纳的其他税款和员工无关，属于公司经营行为。上交的税款进入国家财政。按照国家财政规定，地方和国库分成管理。公司代扣代缴税款之后，每年可以按照代扣税款的2%向税务领取代扣代缴手续费，用于奖励公司办税人员或税务工作中表现较好的财务人员。这个国家有相关法规明确规定，牢记保存好银行扣款回单，按照税务机关要求按季度填写手续费领取表，奖励款会打到公司账户上。