1、安全性不同。
债券投资的债务人是政府、金融机构和企业，而储蓄存款债务人是银行和其他金融机构。债务人的不同使二者安全性存在差异。从整体上看，储蓄存款安全性高于债券。
我国银行信用程度很高，有国家和中国人民银行严格的监管及自身的风险防范预警机制，银行倒闭的风险极小，所以，银行存款是安全、可靠的一种资金增值方式（当然，对于一些机构的违规高息揽存的安全性应另当别论）。
债券的安全性与其发行主体有密切关系。
一般来说，政府债券因为其发行人是政府，以财政作担保，所以其安全性最高。金融债券的发行基础是银行信用，其安全性与储蓄存款基本相同。
而企业债券发行者为各类企业，数量众多而不同企业的资金实力、经营状况不同，其安全性相对较差，投资者要承担因企业亏损、破产而不能及时或按规定条件还本付息的风险。
当然，企业债券的风险得到了严格的控制。我国对企业债券的发行有相应的规章制度、限制措施，一般是规模较大和资信级别较高的公司或企业，经过有关部门审查批准后才准予发行。
例如，我国发行的电力、铁路、石化等企业债券，风险是相当小的，其利率也相对较高。尽管如此，投资者购买债券时，树立风险意识是非常重要的。
2、期限不同。
储蓄存款的期限通常较短，定期存款期限最长为8年，而债券虽也有1年内的短期债券但多数期限较长，有的达几十年。我国近年来债券发行比较频繁，品种多样，长、中、短期相结合，适应了投资者不同期限的投资需要。
3、流动性不同。
前面已经讲过，流动性即投资工具在短期内不受损失地变为现金的能力。
活期存款流动性非常强，随时可以到银行转化为现金；但定期存款则缺乏流动性，储户若急需现金将未到期的定期存款提前支取时，不管需要多少，全部存款只能一次性支取，并按照活期存款利率计息。存款越多，期限越长，利息的损失越大。债券具有较强的流动性。
债券投资者若急需现金，可以根据需要的多少将手中持有的债券在市场上进行转让，转让价格为市场价格，债券按规定利率和已持有期限应计而尚未支取的利息收入已包含在市场价格之中。
当然，债券的流动性依赖于一个比较完善、成熟和发达的债券市场，也与债券本身的质量相关。一般来说，国债具有非常强的流动性，金融债券和上市公司债券流动性也较强。
4、收益性不同。
储蓄存款的收益是利息收入。我国目前的利率是由中央银行统一规定的，期限越长，利率越高。存款时每笔存款的利率即已确定，因此可以精确地确定可以得到的利息收入。存款利率如遇利率调整，除活期存款外，不会发生改变。
债券投资收益的构成相对复杂一些。前面已经论及，债券投资收益最基本的部分是利息收入，但买卖债券时由于价格的变化还可能得到资本收益。若考虑复利，则分期支付利息的附息债券投资收益还应计入利息的再投资收入。
债券的实际利率一般高于同期限的定期存款利率。这里存在两方面的原因：一是债券融资和银行存款在资金循环中的位置不同。
债券融资是资金的最终使用者向最初的资金供应者融资，中间不要经过任何环节，节省了融资成本；而银行存款属于间接融资，资金存入银行以后，必须由银行发放贷款，资金才能到达最终使用者手中，所以资金最初供应者与最终使用者之间存在银行这一中间环节。
债券融资的情况下，资金最终使用产生的利润由使用者和资金提供者两家分割；而间接融资的情况下，资金最终使用产生的利润由资金使用者、银行和资金最初提供者三家分割，银行的存贷款利差一般为3%~4%。上述原因使债券的实际利率高于同期限的存款利率成为可能。
另一方面，从市场配置资源的一般要求来说，投资的风险越大，要求的报酬率越高。企业债券的投资风险高于银行存款，因此其投资报酬率即利率也要高于银行存款。