一、贷款利率不同
1、公积金贷款利率：3．25％，利率较低；
2、商业贷款利率：4．9％，利率较高。
3、组合型贷款：公积金：3．25％；商业：4．9％，利率一般。
一般来说，优先选择住房公积金贷款，它的利率相对来说比较低，举个例子，一套房款约80万的房子，首付为20万，贷款60万，如果说分30年用等额本息的方式还款的话。
公积金贷款：每个月还款2611元，支付利息约34万元，还款总额约为94万元。
商业贷款：每个月还款3184元，支付利息约54万元，还款总额约为114万元。
这样来看，同等条件下，商业贷款比公积金贷款多还20万元的利息。可以说，公积金贷款相对商业贷款，其月供、贷款利率，和支付总利息更低，更能节省购房成本。
二、贷款额度不同
1、公积金贷款：贷款额度较低；
2、商业贷款：贷款额度较高；
3、组合贷款：贷款额度较高。
三、贷款的条件不同
1、商业贷款条件：放松
商业贷款的要求没有那么严格，只要个人信用良好，没有不良征信记录，具备还款能力。不管是普通住宅还是别墅、写字楼，都可以采用商业贷款。
2、公积金贷款条件：严格
采用公积金贷款，也要求个人的信用良好，此外还有要求，就是自贷款之日起前6个月，个人的公积金账户须是连续正常且足额缴纳的。公积金贷款仅针对购买普通住宅的家庭，别墅等非普通住宅等非住宅，是不可以使用公积金贷款的。
3、组合贷款条件：严格
组合贷款则必须同时满足公积金贷款和商业贷款的要求。此外，个人有公积金贷款未结清，不能再采用公积金贷款和组合贷款；而有商业贷款未结清，除开限购限贷因素外，还可以再采用商业贷款买房。
还有一个问题就是，在很多城市买房，公积金异地贷款受到限制，自然组合贷款也是不行的；而商业贷款，则可以不受地方的限制。
四、贷款流程时间不同
1、商业贷款：较快。商业贷款的流程相对简单，在银行申请商业贷款后，贷款很快就能发放下来。
2、公积金贷款：中等。公积金贷款的流程复杂，必须先到住房资金管理中心进行申请，中心进行审核后开始办理贷款，从申请到贷款发放，时间比较久。
3、组合贷款：较慢。组合贷款中商业贷款部分向贷款银行申请，公积金贷款部分向公积金中心申请，贷款发放的速度比公积金贷款和商业贷款都要慢。