中国资本市场体系的显著特点是市场结构不完善。中国资本市场是伴随着经济体制改革的进程逐步发展起来的，发展思路上还存在一些深层次问题和结构性矛盾,主要有：重间接融资，轻直接融资；重银行融资，轻证券市场融投资；在资本市场上“重股市，轻债市，重国债，轻企债”。这种发展思路严重导致了整个社会资金分配运用的结构畸形和低效率，严重影响到市场风险的有效分散和金融资源的合理配置。
具体来说表现为：
①主板市场，包括上海证券交易所和深圳证券交易所。沪深证券交易所在组织体系、上市标准、交易方式和监管结构方面几乎都完全一致，主要为成熟的国有大中型企业提供上市服务。
②二板市场（创业板市场）。2004年6月24日，为中小企业非凡是高新技术企业服务的创业板市场刚刚推出，它附属于深交所之下，基本上延续了主板的规则：除能接受流通盘在5 000万股以下的中小企业上市这点不同以外，其他上市的条件和运行规则几乎与主板一样，所以上市的“门槛”还是很高的；
③三板市场（场外交易市场）。包括“代办股份转让系统”和地方产权交易市场。总的说来，中国的场外市场主要由各个政府部门主办，市场定位不明确，分布不合理，缺乏统一规则且结构层次单一，还有待进一步发展。