1996年：公司在原中国证券交易系统有限公司的基础上改组设立，中国人民银行、财政部及九家金融机构为出资人；公司独立开发出中央债券簿记系统，实现了债券登记托管和交易结算的电子化；在中国人民银行指导下，开发出债券发行系统和公开市场操作系统，为人民银行公开市场业务搭建了技术平台，并首次采用远程数量招标方式支持中国人民银行发行中央银行融资券；参与并完成世界银行“中国国债托管清算结算系统与场外市场”、“中国政府债券簿记系统设计”和“中国债券市场风险控制机制与信息系统建设”技援项目，为公司业务的开展和市场架构的确立奠定了基础。1997年：中央债券综合业务系统作为“国家重点科技攻关项目”在中国人民银行立项；《中华人民共和国国债托管管理暂行办法》颁布，依据该办法，财政部授权本公司主持建立和运营全国国债托管系统；中国人民银行《关于各商业银行停止在证券交易所证券回购及现券交易的通知》发布。全国银行间债券市场开始建立，公司被中国人民银行指定为市场的债券托管与结算机构，承担银行间债券市场统一托管结算职能；依据中国人民银行《公开市场业务暨一级交易商管理暂行规定》，公司开始承办公开市场业务的债券登记、托管和结算业务，为公开市场业务提供相应的技术平台和业务支持；中国人民银行《特种金融债券托管回购办法》颁布，根据中国人民银行的授权，公司承担特种金融债的托管、信息播报、统一结算及代理抵，并成功完成系统迁移工作，初步建立了“三中心”格局下的系统运维体系。